Como Centro Tecnológico, o principal objetivo do CBA é transformar os conhecimentos gerados por institutos de pesquisa já existentes em produtos com valor agregado em toda a cadeia produtiva. Neste sentido, o Centro já vem desenvolvendo produtos e processos em parceria com instituições de ensino e pesquisa e com a iniciativa privada.

Outros objetivos:

• Contribuir para o desenvolvimento regional, com geração de emprego e renda a partir da inovação biotecnológica.
• Promover o conhecimento da biodiversidade amazônica associado às tecnologias necessárias ao seu aproveitamento econômico com agregação de valor na região amazônica.
• Incentivar o desenvolvimento regional de produtos, processos e serviços biotecnológicos, nas áreas de saúde humana, agronegócio e industrial visando sua comercialização e inserção em cadeias produtivas regionais, nacionais e globais.
• Incubar, consolidar e projetar empresas de base biotecnológica.
• Incentivar a implementação de parques bioindustriais na região amazônica, de projeção internacional, constituídos de empresas e instituições de competência reconhecida.