O primeiro superintendente da Zona Franca de Manaus foi o seu idealizador, Francisco Pereira da Silva, empossado em 19 de abril de 1960, ficando no cargo até 14 de setembro do mesmo ano. Posteriormente, a ZFM foi administrada burocraticamente por diversas pessoas, alguns empresários, outros funcionários, até sua reformulação e criação da Suframa pelo Decreto-lei Nº 288, de 28 de fevereiro de 1967.
Floriano Pacheco foi o primeiro superintendente da Suframa, nomeado em 19 de abril de 1967 e empossado em 12 de maio seguinte, pelo Ministro do Interior Affonso de Albuquerque Lima, em Manaus. Paulista e coronel da reserva do Exército brasileiro, permaneceu no cargo até 15 de agosto de 1972. Na sua gestão foi aprovado o primeiro projeto industrial, o da Beta S/A e lançada a pedra fundamental do Distrito Industrial, em 30 de setembro de 1968. Quando deixou o cargo, as primeiras indústrias estavam se instalando no Distrito, a Companhia Industrial Amazonense - CIA e a Springer e a sede da Suframa estava em construção.
Hugo de Almeida, engenheiro, nomeado em 15 de agosto de 1972, tomou posse em 04 de setembro e exerceu a função até 15 de março de 1974. Inaugurou a sede da Suframa, um projeto do arquiteto Severiano Mário Porto, premiado pela Associação dos Arquitetos do Brasil.
José Martins de Oliveira Amado foi nomeado em seguida, permanecendo no cargo de 15 de março a 10 de dezembro de 1974.
Aloysio Monteiro Carneiro Campello foi nomeado em 10 de dezembro de 1974. Na sua gestão houve incremento do setor industrial, com o primeiro esboço de uma política para o setor. A Suframa firma convênios com o GEICOM (Grupo Executivo Interministerial de Componentes e Materiais), INMETRO (Instituto Nacional de Normalização e Metrologia e Qualidade Industrial) e o CTA (Centro Técnico Aeroespacial da Aeronáutica) para suporte técnico na definição de políticas e no acompanhamento dos projetos industriais em implantação. Começam a formar-se os primeiros pólos industriais, relojoeiro, ótico, eletroeletrônico e de veículos de duas rodas. Nesse período houve também o primeiro contingenciamento das importações para a indústria e o comércio, determinado pelo Governo Federal, e a exigência de índices mínimos de nacionalização para os produtos fabricados na ZFM. Na sua administração, a Suframa recebeu do Estado a doação da área do Distrito Agropecuário e delineou as primeiras diretrizes para os projetos agropecuários. Ficou no cargo até 15 de março de 1979. Faleceu em 1999.
Ruy Alberto Costa Lins foi nomeado em 15 de março de 1979. Prosseguiu o trabalho técnico iniciado por Campello, iniciou a expansão do Distrito Industrial e aumentou a presença da Suframa nos outros Estados da Amazônia Ocidental - dois deles, à época, ainda territórios federais. Na sua gestão a Suframa construiu o Campus da Universidade do Acre, implantou os distritos industriais de Rio Branco/AC e Boa Vista/RR, construiu o mini-campus da Universidade do Amazonas, criou a Fucapi (Fundação Centro de Análise de Produção Industrial), como laboratório de aplicação, estimulou a criação do Centro das Indústrias e da Associação dos Exportadores da ZFM. Instituiu o Fundo Comunitário das Indústrias da Zona Franca de Manaus - Funcomiz, que recolhia um percentual do lucro das empresas para aplicação em programas de saúde pública, educação e assistência ao menor. Fundou o Consórcio do Distrito Industrial - Condin, para administração e conservação do Distrito e da Exposição Permanente dos Produtos da Zona Franca de Manaus, um show-room de tudo o que era produzido no parque industrial local, onde hoje é o Cecomiz. Na sua gestão foram criados, em 1982, os Prêmios Suframa de Jornalismo, História, Literatura e Artes Plásticas. Deixou o cargo em 21 de junho de 1983.
Joaquim Pessoa Igrejas Lopes foi nomeado em 21 de junho de 1983. Em sua administração deu ênfase ao setor agropecuário, com a criação da Fundação Centro de Apoio ao Distrito Agropecuário - Fucada e uma Fazenda Modelo naquele distrito, onde as experiências bem sucedidas eram repassadas à iniciativa privada. Implantou a Fucapi e transformou a Exposição Permanente no Cecomiz (Centro Comercial da Indústria da Zona Franca de Manaus), hoje aberto ao comércio em geral. As ações do Funcomiz passaram a abranger também o esporte e a cultura regional, com ênfase na edição de livros de autores amazonenses. Nessa época o Conselho aprovou a Resolução Nº 400/84, obrigando as empresas a veicularem em toda a publicidade impressa e de vídeo, a legenda “Produzido na Zona Franca de Manaus”, estabelecendo ainda que o lançamento de novos produtos deveria ser feito, em caráter nacional, em Manaus. Para isso, foi reservado em Salão, no Cecomiz, onde hoje funciona a Receita Federal. Deixou o cargo em 04 de abril de 1985.
Roberto Cohen foi nomeado em 04 de abril de 1985 e ficou no cargo até 01 de abril de 1986.
Régis Ribeiro Guimarães assumiu como interventor, em 01 de abril de 1986 e permaneceu na função até 03 de junho de 1986.
Delile Guerra de Macedo foi nomeado em 05 de junho de 1986. Reestruturou a Autarquia, criou um Plano de Cargos e Salários para os Servidores, reviu normas e procedimentos e desenvolveu um intenso trabalho de divulgação no país e exterior e na atração de novas indústrias para a Zona Franca de Manaus. Projetou excelente imagem pública da Suframa e da Zona Franca de Manaus, promovendo eventos como seminários para discutir os problemas e apontar soluções e feiras em outros Estados, mostrando ao Brasil os produtos fabricados na ZFM. Ficou no cargo até 04 de agosto de 1987.
Jadyr Carvalhedo Magalhães foi nomeado em 04 de agosto de 1987. prosseguiu o trabalho de divulgação da ZFM no país e exterior, organizando missões empresariais em busca de novos investidores. Nesse período foi criada a Área de Livre Comércio de Tabatinga/AM e realizados, em Manaus,eventos de grande porte o I Seminário Internacional de Turismo e o I Encontro de Zonas Francas Latino-Americanas e do Caribe, quando foi criada a AZOLCA (Associação das Zonas Francas Latino-Americanas e do Caribe) que reuniu cerca de 55 representantes de áreas de livre comércio e zonas francas localizadas em várias partes do mundo. Deixou o cargo em 17 de abril de 1990.
Leopoldo Carpinteiro Peres Sobrinho foi nomeado em 17 de abril de 1990, encontrando a ZFM em fase de indefinições. Permanece no cargo até 12 de março de 1991, em meio a uma crise nacional em conseqüência da implantação da Nova Política Industrial e de Comércio Exterior do Governo Federal, que abriu o mercado nacional ao produto estrangeiro, mais barato e mais moderno. Embora a Suframa envidasse todos os esforços, o período foi difícil para a Zona Franca de Manaus, cujo comércio importador perdeu o atrativo para os turistas domésticos consumidores, que nos primeiros anos fortaleceram os setores comercial e turístico de Manaus.
Alfredo Pereira do Nascimento foi nomeado em 12 de março de 1991 e permanece no cargo até 01 de agosto de 1992. Nesse período, foram criadas as Áreas de Livre Comércio de Guajará-Mirim/RO e Macapá-Santana/AP. No âmbito industrial, os índices de nacionalização deixam de ser exigidos pelo Governo Federal, que os substitui pela prática do processo produtivo básico. Na sua gestão, foi feita a adequação da ZFM à abertura do mercado brasileiro ao produto estrangeiro, pela Lei Nº8.387, de 30 de dezembro de 1991.
Manuel Silva Rodrigues, nomeado em 04 de agosto de 1992. Na sua gestão são fixados os primeiros processos produtivos básicos provisórios e alguns definitivos; foram implantadas as Áreas de Livre Comércio de Guajará-Mirim/RO e Macapá-Santana/AP, com resultados significativos. Em 1994 faz o 1º Planejamento Estratégico para a Suframa, a partir da auscultação dos diversos públicos internos e externos, para redefinir a Missão e os Objetivos da Suframa como Instituição. Inicia-se o processo de modernização e automação das empresas industriais. O faturamento das empresas bate todos os recordes, mas o nível de empregos cai. Deixa o cargo em 10 de maio de 1996.
Mauro Ricardo Machado Costa foi nomeado e empossado em 10 de maio de 1996, com a missão de fortalecer a Zona Franca de Manaus e a imagem pública da Suframa. Iniciou o processo de modernização da SUFRAMA à partir da revisão do Planejamento Estratégico, definindo a autarquia como agência promotora de investimentos na Amazônia Ocidental a do o implemento de ações com a finalidade de atrair investidores, como a participação em eventos de negócios no País e no exterior; a assinatura de convênio com o Ministério das Relações Exteriores para viabilizar a participação da Autarquia e das empresas da ZFM nos eventos do Programa Nacional de Promoção Comercial; o estabelecimento de novos critérios para aplicação de recursos da autarquia na Amazônia Ocidental, priorizando os projetos de pesquisa, ensino e extensão, estudos, promoção das exportações e infra-estrutura, com vistas a interiorização do desenvolvimento; a realização de Estudos das Potencialidades Econômicas da Região, através da Fundação Getúlio Vargas (FGV) para suporte aos projetos econômicos na Amazônia Ocidental; a criação do Centro de Biotecnologia da Amazônia em parceria com o Ministério do Meio Ambiente, Recursos Hídricos e da Amazônia Legal e Ministério da Ciência e Tecnologia; a criação do Programa de Exportação da Amazônia Ocidental - Pexpam; a reconstrução, ampliação e modernização da sede da Suframa, consumida por um incêndio em maio de 1994, entre outras. Deixou o cargo em 26 de abril de 1999.
Antônio Sérgio Martins Mello foi nomeado em 26 de abril de 1999, tendo assumido oficialmente, em 13 de maio do mesmo ano. Deixou o cargo no dia 13 de agosto, transmitindo-o ao sucessor Ozias Monteiro Rodrigues, no dia 31 de agosto, durante a 194 ª Reunião do Conselho de Administração da Suframa (CAS).
Entre as suas principais ações destacam-se: estímulo às exportações; à integração com o Mercosul, Alca e Pacto Andino; à inserção do pólo industrial de Manaus no processo de globalização da economia; ao adensamento da cadeia produtiva visando a implantação de um pólo de componentes capaz de formar uma rede de fornecedores na região; à captação de novos investimentos para a Amazônia Ocidental e as cidades de Macapá e Santana, no Amapá, e à formação de capital intelectual na região.
Durante a sua gestão, foi dada ênfase à interiorização do desenvolvimento, com investimentos em obras de infra-estrutura, por meio de convênios com os governos estaduais e prefeituras na área de atuação da Zona Franca de Manaus, bem como ao aproveitamento racional das potencialidades econômicas regionais, como fruticultura, piscicultura, turismo e bioindústria. O apoio técnico para a formação de um pólo de bioindústria na ZFM será dado pelo Centro de Biotecnologia da Amazônia (CBA), cujas obras civis tiveram início em agosto de 1999.
Ozias Monteiro Rodrigues foi nomeado em 13 de agosto de 2001 e assumiu no dia 31 seguinte. É amazonense de Codajás, e já exercia desde 1998, a Superintendência Adjunta de Planejamento da Suframa. Seu programa de trabalho deu ênfase a ações importantes para o Pólo Industrial da Zona Franca de Manaus e para a promoção do desenvolvimento da Amazônia Ocidental e dos municípios de Macapá e Santana, no Amapá, como: a criação do Centro de Tecnológico do Pólo Industrial de Manaus – CT-PIM; o estímulo às exportações, o desenvolvimento das potencialidades regionais, a inauguração da sede do Centro de Biotecnologia da Amazônia (CBA), o implemento de ações para atrair novos investidores para a Região, como a realização da I Feira Internacional da Amazônia – FIAM, em 2002 além de um intenso programa de promoção comercial com a realização de viagens de prospecção de novos mercados a diversos países. Ficou no cargo até 09 de maio de 2003.
"Esta é a etapa mais importante da Zona Franca de Manaus: a fase de se criar competência tecnológica e agregar valores ao PIM, investir em inovação para que ele se consolide; é necessário implantar e consolidar novos pólos de desenvolvimento, sobretudo de ecoturismo e biotecnologia, para transformar a Zona Franca de Manaus em um projeto nacional". Ozias Monteiro Rodrigues